北京市纪委机关、监察局内设24个职能部门，具体为：办公厅、组织部、宣传部、研究室、法规室、党风政风监督室（北京市纠正行业不正之风办公室）、信访室与 北京市行政投诉中心合署办公、市委巡视工作领导小组办公室、案件监督管理室、第一至第九纪检监察室、案件审理室、申诉复查复议室、纪检监察干部监督室、预防腐败一室、预防腐败二室、机关党委。

此外，还设有生活服务中心、计算机信息中心、老干部活动中心、电化教育中心（网络宣传中心）、电子监察中心、昌平教育基地等直属事业单位。北京市纪委监察局派驻纪检监察机构61个。